Gothic II knüpft nahtlos an die Handlung des ersten Teils an. Nach dem Fall der Barriere fliehen die Gefangenen aus dem Minental und die Erzproduktion kommt zum Erliegen. Die Situation im Königreich Myrtana spitzt sich zu und König Rhobar II. befiehlt seinem obersten Paladin Lord Hagen, ein Schiff und 100 seiner besten Männer zu nehmen, nach Khorinis zu segeln und die Insel nicht eher zu verlassen, bis der Laderaum des Schiffes mit magischem Erz gefüllt sei. Nach der Ankunft übernehmen die Paladine zunächst die Herrschaft über die Hafenstadt Khorinis, ansonsten liegen ihre Ziele im Dunkeln. Die Umgebung der Stadt ist wegen der umherstreunenden ehemaligen Sträflinge nicht mehr sicher. Doch auch die Orks kommen aus der Barriere und in Khorinis wird die Angst vor einem Orkangriff groß. Da keine Handelsschiffe mehr in Khorinis anlegen, seit der Krieg in Myrtana tobt, geht der Stadt langsam die Nahrung aus. Die Stadtmiliz presst die Bauern immer stärker aus und schüchtert diese ein. Dies führt zu einem Bauernaufstand, da sich die Bauern unter der Führung des Großbauern Onar weigern, der Stadt weiterhin Abgaben zu zahlen. Onar hat Söldner angeheuert, um sich vor der Stadtmiliz zu schützen. Ferner häufen sich die Diebstähle in der Stadt und es werden Gerüchte über eine Diebesgilde laut.

Der Magier Xardas spricht von einer neuen Bedrohung, der es die Stirn zu bieten gilt. Der Held sei der Auserwählte, der mit Hilfe eines mächtigen Artefaktes, dem Auge Innos', die Bedrohung aufhalten könne. Doch bis der Spieler das Artefakt erhält, ist es ein weiter Weg. Denn zunächst beginnt man das Spiel als schwacher Kämpfer, da der Held des ersten Teils dem Tode nur knapp entronnen ist und den größten Teil seiner Fähigkeiten verloren hat.

Die Spielwelt 

Gothic II spielt auf der gesamten Insel Khorinis. Das Minental des ersten Teils ist nur ein kleines Gebiet auf der Insel. Im Gegensatz zum Minental ist der Hauptteil der Insel von einer dichten Vegetation bedeckt.

Ein Großteil der Inselbevölkerung bewohnt die befestigte Hafenstadt Khorinis, die sich im Westen der Insel befindet. Sie ist gegliedert in das Hafenviertel, in dem ärmere Menschen leben, die Unterstadt, wo die Handwerksmeister und Händler ihrer Beschäftigung nachgehen, und die Oberstadt, in der sich das Hauptquartier der Paladine sowie die Häuser der reichsten und vornehmsten Bürger befinden. In Khorinis kann der Spieler bei einem von drei Handwerksmeistern eine Ausbildung beginnen und für diesen arbeiten. Dazu gehören Harad der Schmied, Constantino der Alchimist und Bosper der Bogner.

Neben der Stadt gibt es auf der Insel einige Bauernhöfe, wo Ackerbau und Schafzucht betrieben werden. Die Bauern sind teilweise selbständig, teilweise Pächter des ansässigen Großbauern Onar. Auf Onars Hof, nördlich von Khorinis, ist auch das Söldnerlager, in dessen Nähe sich außerdem noch ein Banditenlager befindet. Etwas östlich der Stadt Khorinis liegt das Kloster der Feuermagier. Dort wird auch Wein produziert.

Die Gilden

In Gothic II kann man sich im Spielverlauf entscheiden, welcher der drei Gilden man sich anschließen möchte. Das Spiel setzt aber, wie im ersten Teil, eine Gildenzugehörigkeit voraus, um die Handlung voranzutreiben. Anders als im Vorgänger bestimmt die Gildenwahl jedoch die Spielweise. So ist man als Söldner ein reiner Kämpfer, als Feuermagier ein reiner Magier und als Milizsoldat ein Kämpfer, der im weiteren Spielverlauf ein wenig Magie erlernen kann.

Miliz/Paladine: In der Stadt Khorinis kann man sich der Stadtmiliz anschließen. Sie sorgt in der Stadt für Ruhe und Ordnung und kümmert sich darum, dass die Bauern ihre Abgaben zahlen. Die Miliz ist treu zum König und untersteht mittlerweile dem Kommando der Paladine des Königs. Im weiteren Spielverlauf kann der Spieler zum Paladin des Königs erhoben werden. Um sich der Miliz anschließen zu können, muss der Held jedoch erst Bürger der Stadt Khorinis werden. Dazu muss er wiederum einen Beruf erlernen.

Novizen/Feuermagier: Abgelegen in ihrem Kloster leben die Feuermagier, die schon aus dem ersten Teil bekannt sind (es sind allerdings nicht dieselben Personen). Die Feuermagier sind die Priester des Lichtgottes Innos und werden von den Bürgern von Khorinis voller Ehrfurcht betrachtet. Die meisten Bewohner des Klosters sind jedoch einfache Novizen, die für die Gemeinschaft alle Arbeiten verrichten, die im Kloster anfallen. Nur wenige Novizen werden von Innos erwählt, den Weg des Magiers einzuschlagen. Das Kloster darf nur von den Dienern Innos' betreten werden (also den Magiern, Novizen und Paladinen). Um als Novize aufgenommen zu werden, muss man zunächst eine großzügige Spende entrichten. Die wichtigsten Feuermagier sitzen im Hohen Rat, angeführt von Meister Pyrokar.

Söldner/Drachenjäger: Die Söldner wurden vom Großbauer Onar angeheuert, um seine Felder und seinen Besitz vor dem Zugriff der Stadtmilizen zu schützen. Um bei den Söldnern aufgenommen zu werden, muss sich der Held erst deren Respekt verdienen. Wer sich nicht durchsetzen kann, hat keine Chance. Da sie den Bauernaufstand unterstützen, sind die Söldner in der Stadt eher unbeliebt und werden misstrauisch beäugt. Im weiteren Spielverlauf gesellt sich eine weitere Gruppierung zu den Söldnern, die sich Drachenjäger nennt.

Charakterentwicklung 

Zwar schlüpft der Spieler in die Rolle des No-Name-Charakters, dessen Fähigkeiten lassen sich jedoch weitestgehend auf die eigene Spielweise anpassen. Für erfüllte Aufträge und getötete Gegner erhält man Erfahrungspunkte, die beim Erreichen eines Schwellwertes einen automatischen Stufenaufstieg auslösen. Für jede neue Stufe erhält man Lernpunkte zur individuellen Entwicklung des Charakters. Die Lernpunkte lassen sich bei verschiedenen NSC-Lehrmeistern in Talente investieren. Dazu gehören Kampfkünste, Handwerks- und Diebesfähigkeiten. Im Vergleich zum ersten Teil wurde das System verbessert, viele Fertigkeiten sind nun einfacher anzuwenden (z. B. Taschendiebstahl).

Kampfkünste 

• Einhänder - Der Held kann alle einhändig geführten Waffen schlagkräftiger benutzen.
• Zweihänder - Der Held kann alle zweihändig geführten Waffen schlagkräftiger benutzen.
• Bogen - Der Held kann mit allen Bögen auf größerer Entfernung treffen.
• Armbrust - Der Held kann mit allen Armbrüsten auf größerer Entfernung treffen.

Handwerke 

• Schwerter schmieden - Aus Rohstahl und ggf. magischem Erz lassen sich Schwerter schmieden.
• Alchemie - Mit Hilfe von Kräutern, die in der Welt von Khorinis zahlreich wachsen, können Heil-, Stärke- oder Geschwindigkeitselixiere hergestellt werden
• Tiere ausweiden - Der Held lernt, erlegte Tiere zu verwerten. Er kann z. B. das Fell abziehen und die Krallen oder Zähne herausziehen.
• Runenherstellung - Die Feuermagier stellen mächtige Zauberrunen her, mit deren Hilfe sie ihre magischen Kräfte wirken.

Diebesfähigkeiten 

• Schleichen – Mit der Fähigkeit Schleichen kann man sich unbemerkt an Gegner an- oder an ihnen vorbeischleichen sowie nachts unbemerkt fremde Häuser betreten.
• Schlösser knacken - Der Held kann verschlossene Truhen öffnen und somit Leute bestehlen.
• Taschendiebstahl - Der Held kann während eines Gesprächs einen NSC bestehlen